Under hela den tid från 1100-talet fram till 1809 som Finland var en del av Sverige låg Åbo stad i centrum av riket. Avståndet från Åbo över havet till Stockholm var kort – eftersom det länge gick både fortare och enklare att färdas till havs än till lands har havet historiskt snarare förenat områden med varandra än skiljt dem åt. År 1809 förändrades situationen, då det för första gången drogs upp en riksgräns i Bottniska havet mellan Åbo och Stockholm. Efter att Sverige i kriget 1808–09 förlorade hela den östra rikshalvan till Ryssland förvandlades Finland till ett autonomt storfurstendöme i det vidsträckta ryska riket, som i öster sträckte sig ända till Alaska. Sedan medeltiden hade en person som från Åbo begav sig till Stockholm rest till rikets huvudstad – den som gjorde samma resa efter år 1809 reste utomlands.
Att Finland och Åbo nu var en del av det ryska riket påverkade till en början inte nämnvärt Åbobornas vardagsliv. I själva verket var förändringarna förvånansvärt obetydliga. I det finska storfurstendömet följde man efter år 1809 samma lag som under den svenska tiden, nämligen 1743 års svenska lag. Inte heller påverkade riksskilsmässan på kort sikt språkförhållandena – i Finland hade man från början gjort det klart att man ville hålla kvar det svenska språket som administrationens och bildningens språk. I skolorna undervisades fortfarande på svenska, på torgen handlade man fortfarande med svenska mynt och i kyrkorna predikade prästerna fortfarande på svenska – eller på finska i de fall församlingsmedlemmarna hade finska som modersmål.
Geografiskt var avståndet från Åbo till den nya rikshuvudstaden S:t Petersburg betydligt längre än avståndet till Stockholm. Trots detta blev Åbos betydelse för en tid i början av 1800-talet ännu större än den hade varit under svenska tiden. För många av de funktioner som under svenska tiden hade skötts från Stockholm fick Finland nu egna institutioner som placerades i Åbo, en naturlig lösning med tanke på att staden var Finlands största och viktigaste. I Åbo fanns storfurstendömets enda universitet och här samlades också landets nya ledning. Eftersom Finlands kyrka inte längre kunde vara en del av den svenska kyrkan fick Finland år 1817 en egen ärkebiskop, som samtidigt var biskop i Åbo stift. Ännu i dag är biskopen i Åbo stift den finländska evangelisk-lutherska kyrkans ärkebiskop och har sitt residens på Biskopsgatan i närheten av Åbo domkyrka.
Den gamla kungliga akademin i Åbo blev efter 1809 kejserlig akademi. Det nya ståtliga akademihuset som man hade börjat bygga redan under den svenska tiden i början av 1800-talet stod färdigt år 1817 och observatoriet uppe på Vårdberget två år senare. För att det skulle finnas tillräckligt många tjänstemän som skötte storfurstendömets förvaltning utvidgades också utbildningen vid akademin, däribland språkundervisningen. Tidigare då de som studerade vid akademin i huvudsak blev präster hade de klassiska språken – hebreiska, grekiska och latin – varit centrala i undervisningen. Nu fick akademin också lärare i de moderna språken tyska och engelska och eftersom Finland hade blivit en del av Ryssland också i ryska. Först långt senare kunde man studera finska vid universitetet och ännu längre räckte det innan man fick en lärare i svenska.
En ny synlig folkgrupp i Åbo efter 1809 var ryssarna. Med tanke på att Finland var en del av det ryska riket blev ryssarna aldrig särskilt talrika i Finland, men eftersom Åbo var en garnisonsstad fanns det i början av 1800-talet minst 1500–2000 ryssar i staden. Eftersom Åbo på den tiden hade bara drygt 10 000 invånare var det knappast ovanligt att man hörde ryska talas på gatorna. På somrarna var trupperna för det mesta ute på landsbygden men på vintern återvände de till staden. Fram till dess att de ryska trupperna fick egna kaserner bodde de i handelsmännens och hantverkarnas gårdar vilket innebar att de kom i nära vardaglig kontakt med stadens invånare. Så småningom byggde man för dem också en ortodox kyrka som än i dag står vid en av de mest centrala platserna i Åbo, nämligen Salutorget.
Som ofta då folk med olika seder och olika språk möts är också konflikter möjliga. Trots att kontakterna mellan ryssarna och de svensk- och finskspråkiga Åboborna i början av 1800-talet var relativt fredliga hände det att man kom på kollisionskurs. Stadens borgare klagade ibland över att inkvarteringen av de ryska soldaterna var en ekonomisk börda, och studenterna som på 1600-talet hade slagits med hantverkargesällerna hamnade nu ibland i slagsmål med de ryska soldaterna. Samtidigt är det uppenbart att den ryska närvaron berikade sällskaps- och nöjeslivet i Åbo. Officerarna i sina präktiga uniformer gav färg åt gatubilden och ordnade stora fester och baler som borgarna ivrigt deltog i. Ryssarna gillade också teater och musik och ordnade föreställningar och konserter som gjorde stadens kulturliv mångsidigare än vad det annars hade varit.
Åbo förlorar sin ställning som Finlands huvudstad
Trots att Åbo efter 1809 en tid i praktiken fungerade som Finlands huvudstad blev det ganska snart klart att Finlands politiska och ekonomiska tyngdpunkt så småningom skulle flyttas österut eller inåt landet. Då Finland var en del av det ryska riket började så småningom den mångspråkiga metropolen S:t Petersburg mer än Stockholm locka till sig folk från Finland. Redan i början av 1810-talet påpekade man att Åbo, som i det svenska riket hade haft ett centralt läge, numera var en gränsstad mot Sverige och saknade ett tillförlitligt försvar. Finlands politiska ledare ogillade också de livliga kontakter man i Åbo hade till Sverige, eftersom man ville visa de ryska myndigheterna att banden till Sverige hade brutits. I det dagliga livet var det dock litet som förändrades – kontakterna mellan Åbo och Stockholm var på gräsrotsnivå också efter 1809 livliga, såväl bland handelsmän som bland studenter.
Att Finlands huvudstad så småningom skulle flyttas bort från Åbo hade klarnat redan år 1812. Bland de förslag på ny huvudstad som lades fram fanns bland andra Borgå, Lovisa och Tavastehus, men valet föll slutligen på Helsingfors, som på den tiden var en obetydlig stad som hade brunnit ner år 1808. Att valet föll på Helsingfors hade att göra med den färdiga befästningen Sveaborg som ansågs kunna försvara den nya huvudstaden, men framför allt hade branden 1808 gjort att en ny stad kunde byggas upp från grunden. Den nya huvudstaden Helsingfors fick från början ett monumentalt centrum som skulle avspegla Finlands ställning som ryskt storfurstendöme. För en sådan uppgift lämpade sig den ”svenska” staden Åbo sämre.
Flyttningen av Finlands huvudstad från Åbo till Helsingfors skedde stegvis. Länge var Helsingfors en obetydlig stad i jämförelse med Åbo – det skulle räcka ända till 1840-talet innan befolkningsmängden i Helsingfors blev större än befolkningsmängden i Åbo. Det räckte också flera år innan de nya byggnaderna i Helsingfors var färdigbyggda och stadens centrum kring Senatstorget började ta form. Först färdigt blev senatshuset, och år 1819 kunde den finska senaten flytta från Åbo till Helsingfors. Därefter följde andra institutioner en efter en. Kvar i Åbo stannade bland andra ärkebiskopen, Finska Hushållningssällskapet och akademin, som enligt den ursprungliga planen aldrig skulle flytta till Helsingfors.
Den händelse som sedan ledde till att också akademin flyttade från Åbo till Helsingfors fick sin början vid niotiden på kvällen tisdagen den 4 september år 1827. Då fattade en höskulle som stod på handlanden C. G. Hellmans gård på Aningaisbacken vid det nuvarande Trätorget eld. Förr i tiden var stadsbränder vanliga och man var van att försöka hindra dem, men alla ansträngningar att släcka elden eller åtminstone hindra dess spridning visade sig denna gång vara förgäves. Efter bara några timmar var hela sluttningen från Aningais ner till Aura å ett hav av rök och lågor. Den starka vinden gjorde att inte ens ån kunde hejda brandens framfart, utan snart stod också kvarteren kring domkyrkan i lågor. Efter att en sista gång ha slagit tre på natten störtade domkyrkans klockor med hela den övre delen av tornet i marken medan elden fortsatte att sprida sig vidare längs med åstranden mot Kaskisbacken.
Först omkring klockan tre på eftermiddagen följande dag var eldsvådan under kontroll och de stadsbor som stannat kvar kunde se förstörelsen. På Aura ås västra sida hade den mesta bebyggelsen från Aningaisområdet fram till nuvarande Auragatan skadats av elden eller brunnit ner helt och hållet. På den östra sidan hade kvarteren kring domkyrkan och vidare mot Vårdberget lidit betydande skador. Bland de byggnader som skonats av elden fanns akademins observatorium som klarat sig tack vare sitt läge högst uppe på Vårdberget samt de små stugorna som låg bakom Vårdberget. Dessa hus från tiden före branden 1827 har bevarats ända fram till våra dagar – i dag utgör de Klosterbackens museum. Som helhet var branden förödande för Åbo stad. Enligt beräkningar hade bara något mer än en fjärdedel av stadens 1 126 gårdar klarat sig oskadda.
Branden 1827 var slutet för det man kallar ”det gamla Åbo” – på latin ”Aboa Vetus”. Återuppbyggnaden av staden kom snart igång, men stadens utseende blev helt annorlunda än det hade varit före branden då stadens centrum låg intill domkyrkan. För att förhindra att bränder uppstod i framtiden måste de nya byggnaderna kring domkyrkan byggas i sten och på betydligt längre avstånd från kyrkan. Gatorna anlades enligt en ny rutplan och handelns tyngdpunkt flyttades från det som i dag är Gamla Stortorget till åns västra sida, till trakterna omkring det nuvarande Salutorget. Åbo förlorade ännu mer av sin ställning i förhållande till Helsingfors då man efter branden beslutade att också akademin skulle flyttas till Finlands nya huvudstad. Helsingfors blev nu centrum också för Finlands intellektuella liv.
Ännu i dag är Åbo en av de viktigare städerna i Finland och för den som är intresserad av medeltidens eller den svenska tidens historia är Åbo särskilt intressant. I Finland var Åbo den första och största centralorten för det i vårt samhälle som symboliserar det västerländska arvet och som kom till Finland via Sverige: den västerländska lagen, det västerländska kulturarvet och den kristna tron. Som ett bevis på detta sträcker staden Åbo ut sig mellan två av den svenska tidens viktigaste byggnader i hela Finland, Åbo slott och Åbo domkyrka.